HISTORIA Como en tantos lugares de España, es a mediados de los 50 y fomentadas desde las Hermandades de Labradores y Ganaderos de pueblos y ciudades, cuando surgen las primeras Cofradías y fiestas en honor de San Isidro Labrador. En Badajoz, durante esos años, una comisión de agricultores y ganaderos se encargaron de las gestiones pertinentes. Tras desechar por diversos motivos terrenos en el cerro "Cansaburros"(Los montitos) y en el Corazón de Jesús (La Crochuela), ambas en el termino municipal de Badajoz, finalmente acabaron aceptando la donación de una finca en Tres Arroyos, propiedad de Juan Martín de Saavedra.
El 15 de Mayo de 1955 se colocaría la primera piedra, y, ya en tiempo record, en los primeros meses de 1956, en concreto el 26 de febrero de 1956, tendría lugar la aprobación de los primeros Estatutos de la Cofradía, por parte de S.E. Rvma. Dr. D. José María Alcaraz Alenda, Obispo de Badajoz, el inicio de las obras, la constitución canónica de la Hermandad y la adquisición del estandarte. Con todo a favor, poco tiempo después, se constituiría la primera junta de Gobierno.
El martes 15 de mayo de 1956 tenía lugar en la ermita, a falta de los últimos detalles y con la imagen prestada, la primera romería de su historia. Con un contexto de exaltación patriótica y religiosa, al acto asistieron las más altas jerarquías de la ciudad. La ermita, construida en poco más de un año sobre un proyecto del arquitecto don Eduardo Escudero, fue inaugurada a media mañana por el obispo coadjuntor, don Eugenio Beitia, figurando en el altar principal una hermosa talla de madera de San Iisidro de Labrador, obra del escultor don Juan de Ávalos, imagen que en la actualidad puede contemplarse en una hornacina del pequeño presbiterio de la Ermita de Bótoa, muy cerca del público.
Una vez extinta la Hermandad de Labradores y Gnaderos y posteriormente las Cámaras Agrarias, el 21 de noviembre de 1998 y previa aprobación por parte de todos los Hermanos Cofrades, se decide la renovación de los nuevos estatutos.
El 12 de noviembre de 2008 y por Decreto del Sr. Arzobispo de la Archidiócesis de Mérida-Badajoz, Rvdmo. Sr. Santiago García Aracil, fueron aprobados los actuales estatutos que rigen el fncionamiento de la Cofradía.
Actualmente la ermita depende canónicamente de la Parroquia de San Pedro de Alcántara de Badajoz, en cuyo término se ubica la misma.
Texto extraído de la Agrupación de Hermandades de Badajoz
PALABRAS DE NUESTRO HERMANO MAYOR:
Estimados hermanos/as y demás vecinos de la Ciudad de Badajoz.
Espero que estéis todos/as bien, llevando con paciencia "Quédate en casa".
Debido a la situación sanitaria en la que nos encontramos, la Romería de nuestro San Isidro, esta suspendida este año. Esperamos tener la Asamblea General, y dia de Convivencia cuando se terminé el estado de confinamiento. Este año intentaremos ir poniendo videos y fotografías que nos recuerden la celebración de Nuestra Romería en años pasados. Gracias por vuestra compresión, os mantendremos informados/as. Saludos y paciencia Rafael Crespo